本殿には「東本殿」と「西本殿」があります。東本殿には玉依媛命（たまよりひめのみこと、上賀茂神社の神様を生んだ母で安産・子育ての神様）が、西本殿には賀茂建角身命（かもたけつぬみのみこと、神武天皇を助けた厄除・開運の神様）がそれぞれに祀られていて、社殿は神社建築の代表といわれ、国宝に指定されています。また、摂社・末社（せっしゃ・まっしゃ、神社と深い縁のある神様を祀る社）にあたる「言社」（ことしゃ）には、大国主命（おおくにぬしのみこと、国造りの神様）が祀られています。大国主命には7つの名前があり、下鴨神社では名前ごとに7つのお社が建立。それぞれが十二支の守り神や商売繁盛の神様として信仰を集めていて、重要文化財に指定されています。