現在、南禅寺の塔頭（たっちゅう、禅宗寺院に建てられた小院）として残る南禅院（なんぜんいん）は、かつて亀山法皇が出家した離宮の遺跡で、南禅寺発祥の地でもあります。
応仁の乱（1467年〜1477年）で被災・荒廃しましたが、元禄16年（1703年）に徳川綱吉の母により再建されました。
この南禅院の庭園は深い樹々に囲まれて物静かで奥深い趣にあふれ、京都の三名勝史跡庭園の一つに指定されています。
一方、南禅寺の境内にはその日本的な風景のなかに見事に溶け込むかたちで、レトロな赤レンガのアーチ状の建造物が見られます。これは琵琶湖疏水が通る水道橋で、正式名称は水路閣といい、明治時代に建設されました。
全長約93m、幅約４m、高さ約14mで、今日も毎秒２ｔの水が流れ、京都市民の生活を潤しています。
古代ローマ時代の水道橋を参考に造られていて、現在その上部は疏水沿いの遊歩道としても利用されています。
京都の川はすべて南に向かって流れていますが、この水路閣は水路の傾斜が調節されていることから、水が北（京都市内）に向かって流れています。
なお、南禅寺の境内は平成17年（2005年）に国の史跡に指定され、今日水路閣は京都を代表する風景のひとつとして人々にすっかりなじんでいます。